预防出生缺陷优生优育系统解决方案
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辅助疾病诊断:精确寻找疑似患者(尤其是怀疑具有遗传原因但临床上无法诊断的疑难杂症患者)的致病原因,辅助临床诊断。
遗传咨询指导:为受检者提供疾病相关的治疗、预后及疾病检测等信息,并可对有孕育后代需求的个体针对性提供生育指导。
科学研究探索:全外显子检测项目有助于发现新的致病基因,推动遗传疾病遗传基础研究。
样本要求
样本要求:外 周 血 成人≥5mL外周血;婴幼儿≥2mL外周血。
D N A 浓度不小于30ng/μL;总量不低于3μg;OD260/280值在1.6-2.2之间,无降解,无蛋白或RNA污染。
新 鲜 组 织 100mg (包括肌肉、流产组织, 取样约蚕豆大小)。
唾 液 使用专业的唾液DNA样本采集管采集唾液;采集不少于2mL唾液(风险提示:由于唾液中DNA浓度因人而异,使用 唾液采集的样本更容易因提取DNA失败而需要重新提供样本,此风险应当在采集前对受检者及医生说明)。
检测周期:自收到合格样本后25个自然日。
注:全外-Trio需同时收集先证者及父母样本。
检测疾病列表
一、与主诉相关检测(注:由于数据库更新频繁,实际检测时使用的数据库所包含基因与疾病数可能与下表不同)
二、主诉无关的偶然发现-59个基因(知情选择)
三、68种微缺失微重复综合征(补充分析内容)
四、常见单亲二倍体综合征(补充分析内容)
五、动态突变疾病8种(补充分析内容)
六、线粒体基因及深度内含子检测
线粒体遗传病是因遗传缺损引起线粒体代谢酶缺陷( 尤其是氧化磷酸化缺陷),导致ATP合成障碍、能量来源
不足而出现的一组多系统疾病
· 华大全外芯片中整合了完整线粒体基因组的检测,线粒体基因平均测序深度可达2000X;
· Mitomap数据库和文献来源的161个致病变异均可被全外芯片覆盖;
深度内含子变异可能会导致新的剪接位点的产生,进而导致无义介导的mRNA降解或截断蛋白,由于深度内含子所处位置的特殊性,导致常规全外显子组芯片难以对其进行有效检测
· 华大全外芯片中可以覆盖ClinVar及HGMD数据库中致病(且人群频率 5%)的3万+启动子区、UTR区域和内含子区变异,让这些区域的致病变异无所遁形;
· 启动子区域24000+位点,UTR区域1700+位点,深度内含子区5700+位点。
深度内含子变异可能会导致新的剪接位点的产生,进而导致无义介导的mRNA降解或截断蛋白,由于深度内含子所处位置的特殊性,导致常规全外显子组芯片难以对其进行有效检测
· 华大全外芯片中可以覆盖ClinVar及HGMD数据库中致病(且人群频率 5%)的3万+启动子区、UTR区域和内含子区变异,让这些区域的致病变异无所遁形;
· 启动子区域24000+位点,UTR区域1700+位点,深度内含子区5700+位点。
七、打包检测与多组学联合分析
① WES+CNV-seq
由于遗传病的较强的临床异质性与遗传异质性,单纯的全外检测可能难以满足临床疾病排查需求,因此我们支持全外
+CNV-seq打包检测,针对智力障碍、发育迟缓、多发畸形、超声异常等表型提供基因层面与染色体层面的一揽子解决方案,助力临床快捷诊断。
② WES+质谱
华大基因一直致力于通过多组学联合分析的模式辅助遗传病诊断。目前可以针对60余种遗传代谢病提供成熟的质谱 +WES联合分析产品,辅助临床从代谢物与基因多角度分析、锁定致病原因。
附表:可进行WES-质谱联合检测的疾病(代谢指标)
八、其他产品特色
高测序深度保证高测序质量
· 为保证全外测序结果的质量,华大将样本测序深度质控标准定于200X。
· 根据随机抽样的既往6000例全外测序数据进行统计,全外样本平均测序深度为286X,最高测序深度可达598X,足以满足临床辅助诊断与科研需求。
更新速度快,紧跟临床前沿
· 据统计,2015年至2019年,OMIM数据库平均每个月新增45个新致病基因,全年约新增500多新致病基因。
· 为保证这些临床前沿研究报告的基因可以被有效检出,华大疾病-基因数据库采取业内鲜见的“季度更新”模式,理论上可以为全年提高5.5%的检出率[1]。
送检形式
华大基因临床全外显子组检测提供两种送检形式:
① 单人全外显子组检测
仅针对先证者进行全外显子组高通量检测,对于先证者家属可以进行检出位点的Sanger或Q-PCR验证。
① 家系全外显子组检测(全外-Trio)
对先证者及其父母均进行全外显子组高通量检测,并针对先证者的表型进行数据分析与解读并出具临床报告,先证者父母的检测数据作为参考数据使用。
全外-Trio由于检测了三个人的外显子组信息,因此在进行数据分析时更加高效便捷,检出率也比单人全外检测更高。根据华大既往案例检出情况统计,相比于单人全外39%的检出率,全外-Trio的检出率可达49%。另外全外-Trio可以更直观的显示突变来源,发现新发突变。有明确单基因遗传病家族史,但是临床诊断不明确、累及多个系统的复杂表型案例,建议送检核心家系Trio样本的同时,可考虑适当增加送检家系中其他典型患病成员的样本,一并进行检测分析。
检测优势
分析周到: 一次检测22000个基因的外显子,分析解读5800多种单基因遗传病,以及68种微缺失微重复综合征(补充分析内容),更可额外检测线粒体基因与已知致病的深度内含子变异,提升全外检测效能。
模式多样:
既可针对先证者单人进行全外分析,也支持先证者家系全外检测,还可以与CNV-seq进行打包检测、或与质谱检测联合分析,同时针对急重症受检者设有极速检测产品,满足不同受检群体需求。
更新迅速:
疾病-基因数据库每三个月更新一次,紧跟临床前沿进度,提升检出率。
经验丰富:
已完成4万多例全外显子组测序,在国际杂志上发表单病相关论文217篇,协助临床发现超过150的新致病基因,积累丰富经验。
共识团标:
主导、参与多篇行业共识及团体标准制定及发布,引领行业方向,促进行业规范化发展。相关行业共识、团标包括《临 床基因检测报告规范与基因检测行业共识探讨》、《临床单基因遗传病检测报告规范》、《遗传病二代测序临床检测全流程规范化共识探讨》、《产前外显子组测序遗传咨询和报告规范》等。
流程规范:
测序、解读、报告等环节,具有高度标准化的操作流程和管理规范。
团队专业:
强大的信息分析、解读和遗传咨询团队,为您提供专业的服务。
背景介绍
基因检测是各类遗传病精确诊断、治疗指导、预后及疾病预防与控制的关键。然而, 单基因遗传病的致病基因仍有大量至今未明,再加上单基因遗传病本身高度的临床和遗传异质性,常规针对单个或单类疾病的基因谱检测项目存在检测范围有限的局限性,单基因病遗传病的诊断效率普遍较低。全外显子组检测范围涵盖全部人类基因的外显子区,其覆盖范围广、高效的检测特性使其非常适合表型复杂的遗传疾病的检测。
外显子组是个体基因组中直接参与蛋白质编码的DNA区域的总和。人类外显子组包括22,000多个基因的180,000多个外显子,占整个人类基因组的1-2%(图1)。
产品内容
可一次性对人类基因组中2 万多个基因的外显子组区进行检测,分为先证者单人和先证者及其家系Trio(先证者及其父母) 检 测。主要针对OMIM 数据库中几乎所有明确致病的4000多个基因、近6000种遗传病进行解读,此外还可以额外检测线粒体基因上的致病位点,以及HGMD/ClinVar数据库中记录致病的深度内含子位点,全方位辅助临床寻找基因层面的致病原因。
本检测还可提示与受检者表型相关的其它变异类型,包括大片段的基因组拷贝数变异(例如缺失/ 重复区间≥1Mb)、染色体非整倍体、三倍体、杂合性缺失(LOH,区间≥5Mb)、8种动态突变致病疾病等(因提示内容未经验证,会放入附件报告中展示)。